این بنا به دستور ظل السلطان در سال 1175 ه.ق ساخته شد. این بنا یک بار در سال1247 هجری به طور کامل مرمت و بازسازی شده است.عمده سنگ‌های این موزه سنگ قبرهای گهواره‌ای، صندوقی و تخت، قوچ های سنگی و سنگ هایی با نقوش تزیینی و هندسی است که عمداتاً متعلق به شهرستان مراغه و اطراف آن هستند.

با ارزشترین سنگ این موزه سنگ صلوات نام دارد که تاریخ کتابتش نامعلوم است.این بنا چهار ضلع دارد که هر ضلعش 16متر است. دارای ابزارها سنگی و طاق نمای آجری قرینه به ارتفاع 5 متر است. این موزه در سال 1381 هجری شمسی در شهرستان مراغه و در محل مقبره آقالار که قبرهای مرمرین و بسیار نفیسی دارد، برپا شده است.

مقبره آقالار مراغه که در بلوار شهید مقدم خیابان راه آهن خیابان آقالار واقع شده است به عنوان بنای باقیمانده از دوره زندیه بیانگر نوع و سبک معماری آن دوره بسیار حائز اهمیت است. مقبره آقالار بنایی چهار ضلعی آجری است که بر روی قبر میر عبدالفتاح موسوی مراغی شاعر و عارف نامی دوره زندیه ساخته شده است.

میر عبدالفتاح از شعرا و علمای معروف مراغه و شیخ الاسلام عصر خود بود. این بنا در اثر بی توجهی و رانش دیوارها به مرور زمان تخریب شده بود ولی از سال 1375 هجری شمسی تا تابستان 1381 در چندین فصل کاری مرمت و به منظور اعطای کاربری جدید متناسب با بنا در کنار قبرهای مرمرین و نفیس آن تبدیل به موزه سنگ نگاره‌ های مراغه گشته ‌است.در مقبره میر 63 قبر وجود دارد که اکثر آنها بر اثر گذر زمان ساییده شده و از بین رفته اند.