برای فسیل شدن لازم است که بقایا و آثار موجودات زنده به سرعت و پیش از آنکه عوامل محیطی مانند حمله موجودات جسدخوار، سائیدگی . بهم خوردگی توسط امواج، هوازدگی و … باعث تخریب آنها شود در زیر رسوبات دفن گردند.محیط دریایی به دلیل آنکه اعضاء سخت جانوران وقتی در بستر دریا قرار می گیرند آب دریا آنها را از عوامل تخریبی جوی حفظ می‌کند و رسوبات دریایی به سرعت آنها را می‌پوشانند وشرایط مناسبی را جهت فسیل شدن مهیا می کنند. از طریق قرار گرفتن در یخچالهای طبیعی، مدفون شدن داخل صمغ یا کهربا، مدفون شدن در آسفالت طبیعی و یا خشکیدن جسد جانور در محیط گرم و خشک حفظ می شوند.
فسیل یک ماهی
جثه کوچک، فراوانی در محیط زیست، رسوبگذاری شدید، داشتن اندامهای سخت و مقاوم و اختصاصات تشریحی (بافتی) وشیمیایی از مؤثرترین عوامل در حفظ موجود و تشکیل سنگواره‌اند.اگر چه در بیشتر مواقع اندامهای سخت موجود تبدیل به سنگواره می‌شوند، اما گاهی اندامهای نرم جاندار نیز حفظ می‌گردند که اهمیت زیادی در بررسی موجودات دارند مثل تخم موجودات مختلف از قبیل حشرات، ماهیان غضروفی دایناسورها و …
حفظ شدن از طریق مدفون شدن در آسفالت
در صورتی که نفت خام به سطح زمین راه پیدا کند و در گودالی جمع شود و در معرض نور خورشید قرار گیرد قسمتهای سنگین نفت به صورت آسفالت طبیعی در گودال باقی می‌ماند. در اثر جریان باد بر روی گودالها از گردوخاک انباشته می‌شود و گاهی آب این چاله‌ها را فرا می‌گیرد در این حال برخی از جانوران در موقع عبور از روی این چاله‌ها و یا آشامیدن آب در اسفالت طبیعی فرورفته و دفن می‌شوند و بنابراین تمامی بدن جانور با گوشت و پوست تبدیل به فسیل می‌شود.
حفظ شدن از طریق دفن در صمغ یا کهربا
جزئی‌ترین اندامهای حشرات و جانورانی که در درون صمغ درختان حبس می شوند، محفوظ باقی می‌ماند و در اثر گذشت زمان هیچ‌گونه تغییری در آنها ایجاد نمی‌شود.به عنوان مثال:فسیل حشرات داخل کهربا که در الیگوسن اروپای شرقی به فراوانی دیده می‌شود.
حفظ شدن از طریق خشکیدن جسد جانور در مناطق گرمسیر خشک
گاهی به صورت اتفاقی جانور در زیر شنهای روان و مواد رسی مدفون می‌شود و در اثر خشکی هوا، گوشت و پوست جانور خشک شده و به صورت فسیل حفظ می شود که مومیایی شدن نامیده می‌شود. مثل پوست خزندگان که در درون رسوبات حفظ شده است.
حفظ شدن از طریق قرار گرفتن در یخچالهای طبیعی
در دوره‌های یخچالی و حتی تحت تأثیر تغییر شرایط آب و هوایی و سرد شدن محیط، موجوداتی که توانایی تطابق با شرایط جدید را نداشته‌اند نابود و گاهی در درون یخها مدفون شده‌اند. مثل اجساد کامل ماموتهای دوره پلیستوسن که یخبندان به صورت کامل با گوشت و پوست و محتویات درون معده‌هایشان باقی مانده‌اند.
