معماری مدرسه ضیائیه را می توان از خصوصیات عصر مغولی قلمداد کرد. در این بنا هیچ گونه تزیینات کاشی کاری به چشم نمی خورد و تنها آثار بر جای مانده آن خشت خام بوده که این بنا را تاکنون بر پا نگاه داشته است.
استان یزد غنی از آثار تاریخی است که البته کمتر مثل آثار تاریخی سایر استانهای کشور شهرتی به هم زده‌اند. در هر کجای یزد، نشانی از تاریخ و ردپای آن را می‌بینید؛ آثاری که در هیچ کجای دنیا، نمونه‌ای برایشان یافت نمی‌شود. تاریخ در این شهر زنده است و نفس می کشد.
بنای راز آمیز زندان اسکندر در محله فهادان یزد از کهن‌ترین محله‌های این شهر است که در قدیم به شهرستان شهرت داشته است.
زندان اسکندر یا همان مدرسه ضیائیه در حقیقت مدرسه‌ای است با حدود ۸ قرن قدمت که در محله فهادان شهر یزد در مجاورت بقعه دوازده امام واقع شده است.
این بنای تاریخی دارای حیاطی است که سه ایوان پیرامون و اطراف آن قرار دارد. گنبد خانه ای قدیمی و کهن در گوشه‌ی حیاط با ارتفاع زیاد که متعلق به سده‌ای هفتم هجری قمری است.
از بخش‌های زندان اسکندر می‌توان به وجود چاهی با قطری حدود ۲ متر در وسط حیاط این مدرسه ضیائیه اشاره نمود که به سردابی به عمق حدود ۵ متر منتهی می‌‌شود. کف سرداب حوضی قدیمی وجود دارد که از جمله آثار به جای مانده از بنای اولیه ساختمان است. گفته می شود، این ساختمان در ابتدا به وسیله اسکندر مقدونی با کاربری زندان بنا شده که بعدها با یک تغییر کاربری به صورت مدرسه استفاده می شده است.
گنبد این بنا که از پای تا سر از خشت خام ساخته شده، دارای تزیینات و آرایش گچبری نقاشی با آبرنگ طلایی و لاجوردی بوده که در حال حاضر قسمت هایی از آن روی گچ سفید باقی است. اندازه طول هر یک از اضلاع چهار دیوار گنبد ۸/۸ متر، ارتفاع بقعه ۱۸ متر و فاصله دهنه آن ۵/۹ متر است. متاسفانه از کتیبه های چهار دیوار داخل گنبد اثر چندانی باقی نمانده است. ولیکن خطوط آن کوفی بوده و نظیر کارهای گنبد هشت، مدرسه شاه کمالیه و بقعه ی فهادان است.
شبستان مدرسه دارای محراب بوده و در اطراف صحن مدرسه رواق هایی ساخته شده که ضلع غربی آن دارای رواق بزرگتر و محراب گچی است. همچنین در میان صحن پایابی با ۳۸ پله به عمق ۲/۸ متر از سطح زمین برای دسترسی به آب، بنا شده است. معماری مدرسه ضیائیه را می توان از خصوصیات عصر مغولی قلمداد کرد.
در این بنا هیچ گونه تزیینات کاشی کاری به چشم نمی خورد و تنها آثار بر جای مانده آن خشت خام بوده که این بنا را تاکنون بر پا نگاه داشته است. در رابطه با شهرت این مدرسه به زندان اسکندر باید گفت، علاوه بر روایت هایی چون گسیل گروهی از تبعیدیان اسکندر به یزد، عوامل دیگری چون ویژگی های اقلیمی، دور‌دستی و دور‌افتادگی یزد از مراکز بزرگ و پر رفت و آمد در گذشته موجبات روانی و تقویت این شهرت را فراهم آورده اند.
زندان اسکندر در یزد در سال ۶۳۱ هجری قمری توسط عارف معروف ضیاءالدین حسین رضی بنا شد و در سال ۷۰۵ ه.ق توسط پسرانش مجدالدین حسن و شرف‌الدین علی تکمیل شد. احتمال زیادی وجود دارد كه زندان اسكندر بقایای یكی از خانه های خاندان رضی و گنبد باقی مانده بقعه قبور آنها بوده است.
نوع مصالح به كاربرده شده در زندان اسكندر اغلب خشت است كه بعد از پیروزی انقلاب اسلامی گنبد آن توسط معمار استاد آخوند خرمی با آجر مرمت شده است.
این بنای با عظمت پس از پیروزی انقلاب اسلامی به همت سازمان میراث فرهنگی باز پیرایی و مرمت شده و به صورت اولیه اش ترمیم شده و با شماره ۷۷۰ در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.
