گفته می‌شود شکل و بخش‌هایی از این غار در دوران سوم زمین‌شناسی دست‌کَند است. همچنین کتیبه‌هایی از دوران پیش از تاریخ در این غار وجود دارد.با توجه به پژوهش‌های به عمل آمده، در دوران میان‌زیستی کرفتو در زیر آب بوده‌است و در اواخر این دوره ارتفاعات آن از آب خارج شده‌است.

غار کرفتو از غارهای آهکی و طبیعی است که در ادوار مختلف تغییرات و دگرگونی‌های عمده و دخل و تصرفات بسیار در آن به وجود آمده‌است. در حال حاضر طول غار حدود 750 متر است و راه های فرعی متعددی از آن منشعب می‌شود. غار چهار طبقه دارد و حجاران هنرمند، به زیبایی فضاهایی را در مدخلهای غار تراشیده و اتاقها، راهرو و دالانهای متعددی را به وجود آورده‌اند.این غار در دوره های مختلف تغییر حالت داده و به صورت معماری صخره ای در چهار طبقه دیده می شود. به دلیل وجود کتیبه های یونانی بر سر در یکی از اتاق های طبقه سوم معماری هسته ای از آن به عنوان معبد «هراکل» نام برده می شود.       

این غار در سال 1379 گمانه‌زنی شد و با بررسی‌های باستان‌شناختی در محوطهء بیرون و داخل غار آثاری از دوران‌های مختلف به دست آمد. کشف تراشه‌های سنگی در طبقه چهارم و محوطهء بیرون غار می‌تواند نشانه‌ای از استفادهء انسان در دوران پیش از تاریخ از این غار باشد. همچنین نمونهء سفال‌ها و اشیای به دست آمده، ادامهء سکونت انسان را در طول دوران تاریخی اشکانی و ساسانی و دوران اسلامی یعنی سده‌های ششم تا هشتم هجری را مسجل می‌سازد.

غار گرفتو در 20 بهمن 1318 با شماره ثبت 330 به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده‌است. برای دیدن این غار شگفت انگیز باید به کردستان، 46 کیلومتری جنوب غربی تکاب، 5 کیلومتری غرب روستای یوزباش کندی سفر کنید.